Pasó un año desde la última edición, y parecía que en esta ocasión no habría torneo finalmente. Y no era para menos, pues el anterior anfitrión, Rugal, había sido derrotado y lo mas seguro es que yaciera en el fondo del océano junto con los restos de su buque, el Blacknoah. Sin embargo los equipos que habían formado parte de la edición anterior, de repente volvieron a recibir nuevas invitaciones, en este caso firmados con una simple "R". ¿Acaso se trataba de Rugal? ¿Había logrado sobrevivir? Todos sin excepción se preguntaron quién podría ser ese extraño remitente, sin saber muy bien qué se proponía, tan sólo se sabía que su interés era reunir de nuevo a los luchadores para la edición de ese año.

Una vez reunidos los luchadores, se les informó de algún que otro cambio. El equipo americano no estaba, ya que había sido imposible su localización, en su lugar hacía acto de presencia un nuevo equipo cuyos componentes gozaban de una muy mala reputación. Por un lado teníamos a Billy Kane, el matón de la primera edición de Fatal Fury que tan difícil le había puesto las cosas a los tres protagonistas de esa primera edición, en su camino hacia Gueese Howard. Por otro lado, hace su aparición un viejo conocido de la saga Art of Fighting, el ninja Eiji Kisaragi, el cual volvía a rivalizar con Ryo Sakazaki para saldar las cuentas de su último encuentro, y por último hace su aparición un carismático pero oscuro y misterioso luchador, Iori Yagami, el cual domina al igual de Kyo la técnica de las llamas, pero su color es púrpura en lugar de anaranjado. El caso de Iori y su rivalidad con Kyo es difícil de explicar, puesto que se remonta a tiempos inmemoriales, sin llegarse a saber a ciencia cierta el origen de la rivalidad entre las familias Kusanagi i Yagami.

Los combates se celebran nuevamente en escenarios alrededor del mundo. Los luchadores pelean entre ellos ferozmente haciendo gala de unos poderes y técnicas claramente mejoradas respecto al año anterior, fruto de un constante aprendizaje.Uno tras otro, los equipos van cayendo ante el poder y técnicas de artes marciales del Hero Team (Kyo, Benimaru y Goro), sin embargo, poco antes del fin del torneo y una vez en el descanso, alguien echa gas somnífero al equipo haciendo que se desvanezcan, perdiendo temporalmente el sentido...

Despertaron en un lugar oscuro del que apenas podían verse unos a otros. Poco a poco sus ojos se fueron acostumbrando a la penumbra y comenzaba a iluminarse el lugar. Una risa malvada inundaba el lugar, una risa desagradable pero terriblemente familiar... ¡Se trataba de Rugal! Pero no podia ser, pues recordaban verlo hundirse con su buque un año atrás. Sin embargo y contra todo pronóstico, Rugal apareció ante ellos, con un brazo cibernético implantado y con un poder mucho mayor que el que demostró en la anterior edición del King of Fighters.

Tras una breve presentación, Rugal llamó a su otra secretaria, Vice, para que trajera al próximo oponente de los finalistas. Todos se quedaron sin palabras al ver que se trataba del mismísimo Saisyu Kusanagi, el padre de Kyo. Por sus ojos enloquecidos pudieron ver que estaba siendo controlado por Rugal, le había lavado el cerebro con alguna técnica desconocida y había conseguido que se enfrentara en una pelea a muerte contra su propio hijo. Benimaru y Daimon vieron que Kyo no podría con ambos y enseguida colaboraron con él. Empezaron a pelear contra Saisyu y pudieron ver lo técnico que era, una guardia perfecta y unos ataques en cuanto el rival dejaba al descubierto algún punto débil, muy contundentes.

Sin embargo y contra todo pronóstico, esta conexión con Rugal le había debilitado mentalmente y no podía luchar al 100%. Aún así la lucha fue encarnizada y ambos luchadores del Hero Team pudieron por fin derrotarle. Poco antes de desmayarse, le susurró a Kyo que debía enfrentarse a Rugal y vencerle pues si no lo lograba, el mundo estaría perdido ante un ser aparentemente invencible. Kyo asintió, y fue directo a por Rugal. Pero lo que parecía un difícil combate aún lo fue más cuando fue testigo del cambio que sufrió Rugal en ese preciso momento. Hinchado de ira y de furia, mostró su verdadera naturaleza y empezó a transformarse en otro ser más oscuro y más poderoso, el temido Omega Rugal. Sin duda la lucha sería épica, era imposible pronosticar quién podría ganar...

El último combate de la edición de The King of Fighters iba a desarrollarse en el silo de misiles de la base subterranea de Rugal. Como ya habían hecho anteriormente, ambos rivales pusieron toda su voluntad en el combate, y si Kyo estaba motivado por vengar a su padre, Omega Rugal lo estaba sencillamente por la ira hacia quien hacía tan poco tiempo le había derrotado. Pasaron los primeros momentos del combate y Kyo al poco ya estaba en el suelo debido a los golpes que le propinaba una y otra vez su contrincante, pero Kyo, valeroso y sin desear ser vencido, se levantó aunque no por mucho tiempo, pues al poco volvió a ser alcanzado por un nuevo ataque de Omega Rugal que le volvió a dejar tendido en el suelo.

En ese instante, empezaron a oírse voces que le animaban, gritando su nombre y animándole a seguir y a vencer a su rival. ¡Eran sus compañeros del torneo! Eran Athena, Kim, Robert, Ryo, Terry, Andy... todos habían acudido a la lucha para dar ánimos a Kyo. Este, al verlos, recuperó fuerzas y pudo seguir el combate. Por más que Omega Rugal le golpeara una y otra vez, por más que le tumbase, él siempre se levantaba para seguir. Poco después cuando parecía que la victoria no se decantaba ni a favor de uno ni a favor de otro, los presentes pudieron ver como a Rugal le empezaban a fallar las fuerzas o mejor dicho, la fuerza acumulada en él, empezaba a hacerle perder el control y poco a poco fue cediendo terreno ante Kyo.

Ya sin posibilidad de vencer, Rugal empezó a retorcerse de dolor y a despedir pequeños destellos, y justo en ese momento, se escuchó la voz de Iori diciéndole que no era digno para tener ese poder, que sólo aquellos de auténtico linaje serían capaces de controlar tanto poder. Y tras ello y como venganza, Iori despidió un haz de luz, iluminando el área y desintegrando a Rugal para siempre. Kyo, Benimaru y Daimon se apresuraron a abandonar la base y así pudieron ser proclamados nuevos vencedores de The King of Fighters, sin poder saber si el año siguiente volverían a verse o si bien no habrían más ediciones. Aunque para ellos lo más importante era llegar a saber algún día cómo Rugal podía haber obtenido tanta fuerza, y de dónde provenía ese poder...