Tras los acontecimientos ocurridos al final del torneo del año anterior, esta edición presenta un giro argumental total. Tras la dura pelea, Iori y Kyo yacían inconscientes en el suelo, al límite de sus fuerzas tras derrotar a Orochi. Una figura misteriosa se acerco y cogió a Kyo, llevándoselo a algún laboratorio subterraneo. Durante semanas, Kyo tuvo que aguantar una serie de experimentos que tenían la intención de extraerle el ADN. Pero lejos de sentirse acabado, aguantó estoicamente, esperando la oportunidad de poder escapar de sus captores, hasta que al final lo consiguió, y, aprovechando un descuido, logró huir.

El protocolo del evento de este año fue el mismo que en las anteriores ocasiones, los luchadores que ya habían participado recibieron unas invitaciones y como en cada ocasión, los cambios estuvieron también presentes. El que llamó más la atención en principio fue el hecho de que no invitaran este año a Iori ni a Kyo, los auténticos protagonistas de las anteriores contiendas, quizás los organizadores creían que tanto poder era peligroso para los participantes... También King tuvo que rehacer su equipo, ya que Mai pudo entrar en el Fatal Fuey Team, Yuri pelearía con Ryo, así que llamó a Kasumi Todoh y a Li Xiangfei. Pero no sólo ocurrió eso, sino que, aparte de la unión de Benimaru con Shingo, también aparecen en el mismo equipo K' y Máxima, dos luchadores hasta el momento desconocidos. Y si por si esto fuera poco, aparecen dos luchadores más... ¡Idénticos a Kyo! Eso significaba que el experimento había dado resultado y que habían logrado clonar a Kyo.

Por otra parte, y una vez que todos los participantes hubieron llegado, se les explicó con detalle las nuevas normas del torneo. A diferencia de anteriores ocasiones, los equipos estarían formados nada menos que por cuatro luchadores, los cuales tres pelearían contra el equipo rival, con las normas ya conocidas por todos, pero el cuarto luchador denominado Striker, serviría de apoyo en caso de que uno de sus miembros estuviera en apuros, aunque esta breve intervención en la pelea estaría limitada un número determinado de veces.

El torneo comenzó, y los combates se sucedían con unos combates cuyos participantes daban todo de si, dando espectacularidad y muestras de buen hacer en las técnicas marciales, el público estaba muy satisfecho. Mientras tanto, dos figuras seguían la pelea desde fuera del ring. Se trataba de Kyo y Iori, y cada cual tenía sus razones para estar allí. Por una parte, Kyo esperaba con su presencia desenmascarar a la persona desconocida que le secuestró para experimentar con él, y por otra parte, Iori seguía los pasos de su rival con la intención de, cómo no, acabar con él, pero sin precipitarse, puesto que también quería conocer la identidad del secuestrador, para que una vez supiera quién era, acabar también con su vida sin ninguna piedad.

 

 

Heidern, jefe del Ikari Team, descubre mientras tanto millones de señales repartidas por todo el mundo que acaban siendo las señales que emiten los clones hechos a partir de Kyo hasta ese momento, y pone todos los medios a su alcance para rastrear las señales de manera que le puedan llevar hasta ellos. Conseguido esto, decide enviar a sus soldados para detenerlos.

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Combate tras combate, el Japan Team (Benimaru, K', Shingo y Maxima) acaba victorioso en cada uno de ellos, hasta que por fin, consigue llegar a la final. El combate transcurrirá en unas alcantarillas que al final acaba siendo un elevador que lleva a una base subterránea, la Base NESTS la cual sirvió para hacer los experimentos genéticos con Kyo.

Allí, les recibe el nuevo organizador del evento, Krizalid, y les explica que absolutamente todo lo que han hecho hasta ahora ha sido en vano ya que el torneo no es más que una cortina de humo para esconder sus verdaderas intenciones, crear una distracción (qué mejor que el famoso King of Fighters, de proyección internacional) mientras él y sus superiores acababan de crear un ejército de clones de Kyo, con el objetivo de dominar el mundo. Krizalid les cuenta que el mismo es un clon perfeccionado de Kyo, y que K' también es un clon, aunque más primitivo, ya que no es más que el primer prototipo, con muchos fallos en su diseño genético.

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Pero lo que acaba encolerizando a nuestros protagonistas es la intención de NESTS al organizar el torneo, no sólo como distracción, también por crear un terreno de pruebas que sirviera para recopilar la información necesaria de todos los luchadores para así aplicarla a los clones de Kyo, y activarlos definitivamente. NESTS había ido demasiado lejos, tras esto empieza el combate y el Japan Team sufre más de lo que pensaba, al dejar inconsciente a Benimaru y a Shingo, quedando en pie pero muy tocados, K' y Maxima. Y cuando parecía que la pelea iba a acabar con Krizalid como vencedor, el cual estaba a punto de acometer su contraataque final contra los cuatro, entra en escena el verdadero Kyo quien lanza un poderoso ataque, venciendo finalmente a tan duro rival.

Inmediatamente tras la derrota, una intensa luz brillante ciega momentáneamente a los presentes y Krizalid es traicionado por sus misteriosos superiores, los cuales hacen caer una enorme roca sobre el y provocan el derrumbe de la base en donde se disputaba la final.

Todos los allí presentes huyen rápidamente de allí excepto Kyo, el cual es retado por K' a entablar combate, aunque la pelea debe detenerse al ser separados por una puerta metálica. Tras eso escucha una voz a su espalda que le reta a un combate. Era Iori, quien ya no estaba motivado por la ira o por el deseo de venganza, sino por el simple placer de poder pelear contra un rival tan poderoso como había demostrado ser Kyo. El combate sin duda sería épico. Pero el torneo un año más, había concluído.